Bio4250 - Dr Carr     Fall 2018

Six practice problems for calculation of UPGMA phenograms

(1) Equal branch lengths
      A     B     C     D    E
A     0                
B     8     0            
C    12    12    0        
D    18    18    18     0    
E    22    22    22    22    0


(2) Unequal branch lengths
      P     Q     R     S    T
P     0                
Q    24     0            
R    31    33     0        
S    22    20    31     0    
T     8    26    33    31    0

        
(3) Equal and (4)unequal branch lengths
      V     W     X     Y     Z
V     0    26     8    11    28
W    28     0    28    27    20
X     8    29     0    13     0
Y    12    28    12     0    29
Z    28    20    28    28     0


(5) Pairwise differences in a 896bp region of primate mtDNA
    (after Brown et al. 1989)              

         Homo     Pan Gorilla  Orang  Gibbon

Homo        0                
Pan        95       0            
Gorilla   113     118       0        
Orang     183     201     195      0    
Gibbon    212     225     225    222      0

(6) Pairwise differences among five Carnivora
    Lower matrix: Cytochrome b (1,140 bp total)
    Upper matrix: mtDNA genome (15,528 bp total)

Panda distance
          matrix


All text material ©2018 by Steven M. Carr